Российские и германские ученые разработали алгоритм быстрого анализа геномных данных

Новосибирск. 28 октября. ИНТЕРФАКС - Сотрудники Института цитологии и генетики СО РАН (ИЦиГ СО РАН), Новосибирского государственного университета и университета им. Мартина Лютера (Германия) разработали программный комплекс для анализа геномных данных и запатентовали его, сообщается в телеграм-канале ИЦиГ СО РАН.

"Комплекс позволяет по результатам всего одного эксперимента ChIP-seq (анализа ДНК-белковых взаимодействий - ИФ) выявлять пары мотивов (последовательностей нуклеотилдов - ИФ) в ДНК, на которые "садятся" белки-регуляторы, управляющие считыванием генетической информации. Такие белки почти всегда работают в паре или группе, и именно их взаимодействие определяет, будет ли ген включён или выключен", - говорится в сообщении.

Отмечается, что раньше для поиска партнеров белка требовалось проводить множество дорогостоящих экспериментов стоимостью сотни тысяч рублей.

Новый алгоритм экономит время и ресурсы, находя даже перекрывающиеся мотивы, которые традиционные методы пропускают.

Программа уже протестирована на 164 реальных экспериментах и готова к широкому применению в биомедицинских исследованиях - например, для изучения иммунного ответа, онкогенеза и других ключевых процессов. Разработка особенно актуальна для исследователей, изучающих белок-белковые взаимодействия на ДНК, - теперь у них есть мощный инструмент для предварительного анализа без дополнительных затрат. Работа опубликована в научном журнале Nucleic Acids Research.