Санкт-Петербург. 6 июля. ИНТЕРФАКС СЕВЕРО-ЗАПАД - Биоинформатики Санкт-Петербургского государственного университета разработали сборщик для расшифровки геномов коронавирусов coronaSPAdes, сообщила пресс-служба вуза в понедельник.
"Новая разработка Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ, получившая название coronaSPAdes, позволяет собирать геномы РНК-вирусов, и в первую очередь коронавирусов. По предварительным данным, с ее помощью уже удалось восстановить последовательности геномов ранее неизвестных коронавирусов", - отметили в пресс-службе.
Модуль coronaSPAdes - это специальный режим сборщика SPAdes (Saint Petersburg Assembler) - также разработки ученых СПбГУ. Сборщик SPAdes и различные режимы его работы позволяют производить расшифровку геномов живых организмов, в том числе вирусов.
"Дело в том, что биологи до сих пор не умеют читать геномы так же, как мы читаем книгу: от начала и до конца. Вместо этого они "прочитывают" небольшие фрагменты, которые потом собирают в полный текст. Поэтому сборка генома мало чем отличается от сборки пазла из миллиона частей. Эта задача относится к одной из самых сложных алгоритмических проблем в биоинформатике, и, чтобы ее решить, необходимо использовать специальные инструменты - геномные сборщики", - уточнили в пресс-службе.
CoronaSPAdes является программой с открытым исходным кодом, которая доступна для скачивания и использования всем желающим.
